A Sóskopó egyedülálló területét igen jellegzetes és értékes növényzet borítja. Ismertetője a Thero-Salicornietea növénytársulást alkotó többnyire évelő, szukulens halofitákból álló sziki növényzet, amelyet nem csak környékünkön, hanem a Pannon alföld teljes területén a kipusztulás veszélye fenyegeti.
A Sóskopó partmenti övezetét mocsári vegetáció jellemzi. Itt a nádasok (ass. Scirpo-Phragmitetum phragmitetosum) alkotják a legelterjedtebb társulást, de helyenként, a szikesebb részeken a bolboschoenetosum subasszociáció is megtalálható, amely a gyengébben elszikesedett, nedvesebb talajokat kedveli. Egyes részeken a magas sás, Carici-Typhoidetum (Phalaridetum arundinaceae) növénytársulás is jelentkezik.
A rezervátum területén a sziki növényzet dominál. Ez az egyöntetű, alföldi jellegű növényzet leginkább nyáron, a vízfelület visszahúzódásakor fejlődik ki. A talajban oldott nártijum-klorid koncentráció értékével, a talajnedvesség nagyságával, valamint a sókioldódás mértékével összhangban öt Thero-Salicornion társuláscsoportot különböztethetünk meg.
A Salicornietum prostratae sziksófűtársulás Szerbiában egyedül ezen a részen fejlődik. Fennmaradásához fontos a nátriumsókkal telítet tipikus szoloncsák talajtípus, melyet leginkább a nedvességtartalom befolyásol. A növénytársulás élőhelye a szikes tó partvonala, valamint a nyári szárazság idején előbukkanó iszapos tófenék. Edifikátor faj a sziksófű (Salicornia europaea), de jelentkezik még a tövisperje (Crypsis aculeata), a sziki mézpázsit (Puccinelia limosa) és a szárnyasmagvú budavirág (Spergularia marginata) is.
A Salicornieto-Suaedetum maritimae continentale növénytársulást első ízben Bózsa P. és Knežević A. írták le 1988.-ban. Szerbiában és a Pannon alföldön is egyedüli előfordulása a Sóskopóhoz köthető. Egyedülállósága abban nyilvánul meg, hogy a Salicornium europaea és a Suaeda maritima (sziki sóballa) edifikátor fajokat az irodalom két egymást kizáró fajként említi. Jellemzően, a víz visszaszorulása után, a sziksófű jelenik meg előbb, a nedvesebb talajigényére való tekintettel. A talaj száradását követően, egyazon élőhelyen, a sziki sóballa veszi át az edifikátor faj szerepét. A vegetációs időszak végéhez közeledve a sziki mézmázsit, a sziki budavirág (Spergularia media) és a sziki őszirózsa (Aster pannonicum) terjed nagyobb számban.
A Suaedetum maritimae társulás területileg a sziki ballagófű (Salsola soda) társuláshoz kapcsolódik, és a félszáraz időszak végén, illetve a száraz időszak elején (augusztus-szeptember) fejlődik ki. Erre a társulásra jellemző a legkésőbbi és a legrövidebb fejlődési időszak. A sziki sóballa edifikátor faj mellett itt jelentkezik még a sziksófű és a sziki ballagófű is.
Bózsa P. és Knežević A. (1988) szerint a Suaedeto – Kochietum prostratae növénytársulás is jelentkezhet a Sóskopó területén. Csupán néhány négyzetméteres területen figyelhető meg, szétszórtan. Három faj alkotja. A társulásoban kis számban és alacsony fedettséggel jelentkezik a sziki sóballa és a heverő seprűfű (Kochia prostrata). Helyenként megtalálható a sziki mézpázsit. Bizonyításra vár viszont a feltevés, hogy egy újabb egyedülálló, szintén csak a Sóskopóra jellemző társulásról van szó.
A Suaedetum pannonicae növénytársulás, amelyet a Rusanda és a Sóskopó szoloncsákjain jegyeznek szinte monokulturális jellegű. Felépítését és ökológiai jelentőségét a magyar sóballa (Suaeda pannonica) jelenléte határozza meg, amely a Pannon alföld egyik jellemző endemikus faja.
A domborzat magasabb i területein a földközi szikesekre jellemző Festuco – Puccinellietea pusztai – gyepi növényzet fejlődik. Az időszakos vízborítást igénylő szikes gyepeket a Puccinellietum limosae, Camphorosmetum annuae és a Hordeetum hystricis tárulások alkotják. Kissebb oázisok formájában jelentkeznek, és a legnedvesebb területeket a Puccinellietum limosae foglalja el, a legszárazabbakat pedig a Hordeetum hystricis.
A Sóskopó partjai felé, valamint a Kopóköz részen, ahol enyhébben szikesedett a talaj, a tipikus gyepi – pusztai növényzet átmenetét képező növényzet figyelhető meg, amelyet a sóvirág (Statice gmelini) faj alkot.