Prve inicijative za zaštitu Slanog kopova potiču još sa početka 70-tih godina dvadesetog veka, tačnije 1971. godine kada stručnjaci Prirodno-matematičkog fakulteta Univerziteta u Novom Sadu, odsek biologija, daju predlog za pokretanje postupka za zaštitu Slanog kopova. Već tada je ukazivano da ovo područje predstavlja jedno od najvažnijih staništa bogate i specifične ornitofaune, naročito u doba prolećne i jesenje seobe. Tadašnji Pokrajinski Zavod za zaštitu prirode u Novom Sadu, nakon pripremljene stučne podloge i sprovedenih istraživanja upućuje Inicijativu i Predlog Rešenja za stavljanje Slanog kopova pod zaštitu. Materijal je upućen Skupštini opštine Novi Bečej – Odeljenju za poslove privrede i društvenih službi 1973. godine. Nažalost, u Opštini nije bilo razumevanja za ovakav predlog. Tada se na navedenom reonu planiralo podizanje jednog velikog ribnjaka, te interes opštine nije bio stavljanje ovog jedinstvenog područja pod bilo kakav vid zaštite. Od tada je bilo više inicijativa i pokušaja da ovo područje dobije status zaštićenog prostora. 1989. godine, Slano kopovo je sa površinom od oko 600-700 ha, uvršteno u listu najznačajnijih područja ptica u Evropi. Revizijom projekta IBA za Evropu, Slano kopovo je ponovo predloženo kao značajno područje ptica u Evropi sa ukupnom površinom od 2660 ha. Područje dobija kod IBA 012.
Ispred Zavoda za ornitologiju iz Zagreba, dr. Jasmina Mužinić šalje pismeni predlog tadašnjem Pokrajinskom Zavodu za zaštitu prirode iz Novog Sada, da se Slano kopovo uvrsti u listu Jugoslovenskih močvara od Međunarodnog značaja.
1993. godine Zavod za urbanizam Vojvodine iz Novog Sada izradio je Prostornoplanski osnov korišćenja Bisernog ostrva i Slanog kopova, čiji je cilj bio izrada programa korišćenja, urbanističke i investicione dokumentacije kao neophodnih preduslova za zaštitu i korišćenje prirodnih potencijala u cilju razvoja tradicionalne poljoprivredne proizvodnje (salašarske), razvoja lovnog i naučno-istraživačkog turizma. U kasnijem periodu nije došlo do realizacije ovog planskog dokumenta.
Iako ovo područje nikad nije dobilo status zaštićenog prirodnog dobra, za sve ovo vreme je uživalo neformalnu zaštitu, kao značajan prirodni resurs, zahvaljujući Prostornom planu Vojvodine do 2000. godine kojim je ovo područje bilo predviđeno za zaštitu, kao i zahvaljujući aktuelnom Prostornom planu Republike Srbije. U ovim dokumentima, ovakva područja uživaju poseban tretman, kao interesantna sa aspekta zaštite prirode i predstavljaju prostore rezervisane za te namene.
Tako je 1999. godine, Zavod za zaštitu prirode Srbije izradio studiju – Predlog za stavljanje pod zaštitu kao prirodnog dobra od izuzetnog značaja. Uredbom Vlade Republike Srbije iz 2001. godine, Slano kopovo dobija status Specijalnog Rezervata Prirode kao prirodno dobro od izuzetnog nacionalnog značaja 1. kategorije a za Upravljača je određeno ,,Lovačko udruženje Novi Bečej’’.
Što se tiče međunarodnog statusa, Slano kopovo spada u 4. kategoriju po IUCN kategorizaciji, odnosno u staništa i druga upravljana područja. 2004. godine je uvršteno na listu Ramsarskih područja a iste godine postaje i IPA područje, odnosno područje značajno za biljke.