Slano kopovo, kao jedno od vrlo specifičnih područja, odlikuje se vrlo karakterističnim i vrednim biljnim pokrivačem. Prepoznatljivo je po posebnom tipu slatinske vegetacije izgrađenom od jednogodišnjih, pretežno sukulentnih halofita, odnosno zajednice klase Thero – Salicornietea, koje su ne samo kod nas, već i u Panonskoj niziji u fazi iščezavanja.
Priobalni pojas Slanog Kopova karakteriše močvarna vegetacija. U njoj su najzastupljeniji tipični tršćaci (ass. Scirpo-Phragmitetum phragmitetosum) ,dok je mestimično, na zaslanjenoj podlozi razvijena subasocijacija bolboschoenetosum koja inicira slabo zaslanjenu vodom natopljenu podlogu. Od zajednica visokih šaševa, mestimično se javlja asocijacija Carici-Typhoidetum (Phalaridetum arundinaceae).
Slatinska vegetacija dominira u biljnom pokrivaču Rezervata, uprkos tome što je efemernog karaktera.. Floristički jednolična, panonskog karaktera, ova vegetacija se razvija pretežno leti kada se voda povuče. U skladu sa koncetracijom natrijum-hlorida u podlozi i stepenom njene vlažnosti, odnosno izraženosti procesa raslanjivanja, na terenu se jasno može razlikovati pet asocijacija sveze Thero-Salicornion.
Asocijacija bezlisne solnjače – Salicornietum prostratae U Srbiji je razvijena samo na ovom lokalitetu. Za njen opstanak je bitna podloga koja pripada tipičnom solončaku sa maksimalno prisutnom koncetracijom natrijumovih soli, uz značajnu ulogu faktora vlažnosti. Stanište ove fitocenoze je obala slanog jezera, a leti, nakon povlačenja vode, muljevito dno. Edifikator zajednice je vrsta Salicornia europaea. Pored nje se javljaju i Crypsis aculeata, Puccinelia limosa i Spergularia marginata.
Asocijacija Salicornieto – Suaedetum maritimae continentale je opisana prvi put od strane Boža, P., Knežević, A. 1988. Jedino nalazište u Srbiji i Panonskoj niziji je na Slanom Kopovu. Ono što je jedinstveno, jeste i to da se edifikatori ove zajednice, Salicornia europaea i Suaeda maritima u literaturi izdvajaju kao biljke koje se međusobno isključuju. Karakteristično je da se nakon povlačenja vode, prvo pojavljuje Salicornia europaea, kojoj odgovaraju uslovi veće vlažnosti podloge. Kako se zemljište isušuje, ulogu edifikatora na istom staništu preuzima Suaeda maritima. Pri kraju vegetacionog perioda se povećava učešće vrsta Puccinelia limosa, Spergularia media i Aster pannonicus.
Asocijacija Suaedetum maritimae koja se na Slanom Kopovu prostorno nadovezuje na sastojine zajednice bezlisne solnjače. Razvija se krajem polusušnog i početkom sušnog perioda (avgust-septembar). Ovu zajednicu odlikuje najkasniji i najkraći period razvoja. Pored edifikatorske vrste, Suaeda maritima, javlja se i Salicornia europaea i Salsola soda.
Prema Boža, P., Knežević, A. (1988) postoji verovatnoća da se za Slano Kopovo izdvoji efemerna zajednica Suaedeto – Kochietum prostratae. Zapažena je na površini od nekoliko kvadratnih metara, razvijena u fragmentima. Izgrađena je od 3 vrste. U svim sastojinama se javljaju Suaeda maritima i Kochia prostrata sa malom brojnošću i pokrovnošću. Mestimično je konstatovana i Puccinelia limosa. Ostaje za proveru da li se radi o još jednoj zajednici karakterističnoj samo za Slano Kopovo.
Asocijacija Suaedetum pannonicae koja je zabeležena na solončacima Rusande i Slanog Kopova. Skoro je monokulturnog karaktera, a njenu fiziognomiju, ekologiju i značaj, svojim prisustvom određuje panonska jurčica (Suaeda pannonica), koja je endem Panonske nizije.
Na reljefski uzdignutijim položajima se razvija livadsko – stepska vegetacija kontinentalnih slatina klase Festuco – Puccinellietea. U pitanju su povremeno potopljene , slane livade sa asocijacijama Puccinellietum limosae, Camphorosmetum annuae i Hordeetum hystricis. Javljaju se u vidu manjih oaza, u nizu, u kom asocijacija Puccinellietum limosae zauzima najvlažnija, a asocijacija Hordeetum hystricis najsuvlja područja.
Prema krajnjem obodu i gredi područja Između kopova gde je podloga slabije zaslanjena, konstatovani su prelazi ka tipično livadsko – stepskoj vegetaciji slabo zaslanjenih staništa sa vrstom Statice gmelini.